Nella seconda metà dei VI secolo la Valeria viene invasa dai Longobardi e definitivamente conquistata nel 591 da Ariulfo, secondo Duca di Spoleto. Dall'accorata descrizione del Papa Gregorio Magno dell'invasione longobarda, sappiamo dell'esistenza nella Marsorum provincia delle prime comunità cristiane, dei monaci addetti alla conversione dei pagani locali e della decapitazione di un "venerabile diacono" (Gregorii Magni, IV, 262): agli inizi della prima presenza longobarda nel territorio di Aielli risalgono le sepolture tarde della necropoli di S. Agostino con materiali di corredo di tradizione goto-romana databili al VI-VII secolo (Faita l989, 299-230). In età altomedievale l'area della Marsia, inserita nella Contea di Spoleto con la sua Gastaldia e successiva Contea Marsorum franco-longobarda, è interessata dalla presenza dei monaci benedettini, soprattutto quelli cassinesi con le chiese di Sancta Maria in Hyllara (Ponterone-Fonte Regina, sul luogo del tardo-romano fundus Hilarianus) e Sancti Gregorii in Pentoma (sotto il Cimitero di Celano) possesso, nel 1017, della prepositura di Sancti Benedicti in Civitate Marsicana (S. Benedetto dei Marsi) (Chron.Mon.Casin., 231, 10-15). Dalle donazioni dei re Ugo e Lotario sappiamo che alla cella cassinese di Sancti Victorini in loco Telle (S.Vittorino di Celano) appartenevano, nel IX-X secolo: l'antico mons Caelanus (Serra-Secine-Etra); i territori adiacenti, segnati ora dal toponimo "Celle Monacesche" che indicano l'esistenza di piccole sedi eremitiche monastiche sul Sirente, la medievale Serra de Candida nives; i vari possedimenti distrutti dai Saraceni sul finire dei IX secolo (Ra.Mon.casin., II, 74 n. 4 1; 88 n. 8 = anni 941 e 981). Di probabile fondazione longobarda della seconda metà del VII secolo, era la chiesa di Sancti Angeli in Agello situata nel vecchio casale di Aielli Vecchio. A partire dal X secolo, dopo le distruzioni dei Saraceni ed Ungari, sulle alture sovrastanti le ecclesiae descritte, con i vicini casalia e curtes laiche nascono i castelli-recinti (castella), di Focem, sull'imbocco delle Gole di Aielli-Celano, e Agellum ("Aielli Vecchio") sotto Costa Pelara con le torri cintate di avvistamento di Aielli Alto e di Monte Secine. Nel XII secolo, quando la Marsica era inserita nel normanno Principato di Capua fra le terre settentrionali di confine del Regno di Sicilia, i due castella sono ricordati come parte della Contea di Celano e possesso del conte Raynaldus de Celano: Focem era feudo di quattro militi (circa 520 abitanti), mentre Agellum era feudo di tre militi (circa 390 abitanti) (Jamison 1972,214). A questi incastellamenti si affiancano, nel basso medioevo, le chiese del clero secolare con i vicini casali di Bovitio ("Bovezzo"), di Agello ("Aielli Vecchio"), Foce, Ozzanello, Molesiano ("Musciano"), Alafrano, Subezzano, Ponterone e Pentoma. Dalle bolle papali di Pasquale II del 1115 e Clemente III del 1188, conosciamo la consistenza delle chiese dei casalia e castella dei territorio aiellese. Foce con le chiese di S. Barbara, S. Donato, S. Marta, S. Pietro, S. Nicola e la montana S. Maria intra Fauces inserita nelle Gole di Aielli-Celano; Agello ("Aielli Vecchio") con le chiese di S. Angelo e S. Nicola; Bovitio con S. Maria e S. Giusta; Ozzanello con S. Giovanni; Alafrano con S. Croce e S. Pancrazio; Subezzano con S. Cristina e S. Cristofaro; Pensula con la vecchia chiesa cassinese di S. Gregorio; Pentoma con S. Giovanni e S. Ilario; Molesiano con S. Martino; Ponterone con S. Maria, la vecchia chiesa cassinese di Sanctae Mariae in Hillara; le chiese montane del Sirente come S. Pietro de Monte e S. Nicola in Capistrello (Monte S. Nicola del Sirente) (Di Pietro 1869,144-149). Nel secolo XIII, ad opera di Pietro Conte di Albe e Celano, vengono potenziati i castelli di Foce ed Aielli: la torre cintata di Aielli Alto trasformata in un piccolo castello con recinzione dotata di torrette-rompitratta rettangole "a scudo"; nasce la grandiosa fortezza di Monte Secine, la Rocca de Foce, con le sue lunghe mura dotate di numerose torrette-rompitratta e tre grandi torri interne. I successivi conflitti fra Federico II e il figlio di Pietro, Tommaso " Celani, Albe et Molisi comes", portarono alla presa e distruzione nel 1230, dopo un lungo anno di assedio, della Rocca de Foce ad opera di Bertoldo, fratello del duca di Spoleto (Ryccadi Chronica, anni 1929-1930). Ma anche lo stesso incastellamento di Aielli Vecchio aveva subito danni tanto che nel 1231 lo stesso Federico II dava l'ordine di riparare il Castrum Agelli, uno dei strategici castra dell'Aprutium svevo posto ai confini settentrionali del Regno (Winkelmann 1880, 780). Il successivo passaggio del Regno di Sicilia agli Angioini, dopo la definitiva sconfitta di Corradino di Svevia nella Battaglia dei Piani Palentini del 1268, vede Agellum nel 1273 come castello della Contea di Celano inserito nello Justitiariatus Aprutii ultra flumen Piscarie, quindi nell'Abruzzo posto oltre il fiume Pescara (Faraglia 1892, 75). Per un periodo compreso dal 1277 fino al 1316 Agello diviene feudo della contessa di Albe Filippa da Celano moglie del conte Oddo di Toucy (Antinori Corogr.)
Il ritorno nella Contea di Celano di Ruggero I Berardi porta nell'area i monaci celestini dell'Abbazia di S. Spirito in Morrone (Sulmona), a cui nel 1289 il conte celanese aveva donato la chiesa di S. Maria dei Seniori, posta sotto Celano a Monterone. I Celestini di Pietro dal Morrone sul finire dei secolo, condotti dal discepolo e biografo di Celestino V Bartolomeo di Trasacco, trasformano una precedente cella eremitica del Sirente in un monastero celestiniano dedicato a S. Marco (i famosi Casareni di S. Marco, ora "Mandritti", nel territorio di Aielli), posto sotto Monte Etra nelle vicinanze di "Vado Castello" del Sirente; monastero abbandonato nel 1328 perché continuamente disturbato "dai malviventi" con il trasferimento dei monaci nel nuovo monastero di Sancti Marci in Foce realizzato, per volere del conte di Celano Pietro figlio di Ruggero I, a contatto della vecchia S. Maria intra Fauces al termine delle Gole di Aielli-Celano, sopra la "Fonte degli Innamorati" (Grossi 1998, 37-38). E' con il conte Ruggero II di Celano (figlio di Pietro) e dopo la distruzione nel 1347 dell'incastellamento di Aiello Vecchio ad opera delle forze di Amatrice, che inizia la costruzione del nuovo "Burgo" di Aielli, collegato con il piccolo "Castello" sommitale attraverso un recinto murario ornato di due porte ("Porta Montanara" e "Porta Jannetella") e nuove torrette-rompitratta scarpate alla base: la sommità è coronata nel 1356 dalla raffinata torre-mastio cilindrica con canna ottagonale interna e firmata dall'iscrizione sormontata dallo scudo a banda trasversale dei Conti Berardi di Celano, mentre sotto il nuovo abitato, nel 1362, viene fondata nel suolo giurisdizionale della chiesa di S. Giovanni in Laterano di Roma dallo stesso Ruggero la nuova chiesa della S.Trinitatis. Dall'inventario dei beni di Ruggero Il di Celano del 1387 sappiamo che lo stesso possedeva "in castro Agelli" la "selva di Foce", i casali di Pentoma e Alafrano, la nuova chiesa della S. Trinitatis con le sue rendite e possessi, le chiese di S. Giovanni in Ozzanello, di S. Maria di Acuto e di S. Cristina (Sella l936, VI-VII). La seconda metà del trecento vede quindi la nascita del nuovo incastellamento di Aielli, dopo la distruzione di quello di Aielli Vecchio del 1347, nato nelle vicinanze dei casale di Bovezzo con il suo borgo che acquista maggiore importanza nella contea di Celano: nel 1385 è Vescovo dei Marsi Gentile di Aielli, mentre nel 1403 il vescovo Filippo istituisce il Luogo-pio Ecclesiastico a Bovezzo, nell'Ospedale di S. Maria della Pace, a cui unisce le rendite dell'ospizio di S. Giovanni in Ozzanello (Di Pietro 1869,153- 154). E' un periodo questo in cui l'economia locale è maggiormente legata alla potenziata via pastorale transumante "orizzontale" che si snoda nel piano fucense ricalcando il percorso della Valeria, il famoso Regio Tratturo Celano-Foggia definitivamente regolarizzato dagli Aragonesi sotto il conte di Celano Leonello Acclozamora (Colapietra 1979). Dallo studio delle decime vescovili del trecento ricaviamo l'aspetto di una società profondamente agricola con un modesto apporto della pastorizia e della caccia a volatili stagionali migratori del lago Fucino (spatularum) (Di Pietro 1869,144-149). Il casale di Aielli Vecchio è dotato della nuova chiesa di Sancti Silvestri de Ajello, mentre grande importanza assumono le chiese di S. Cristina in Subezzano e S. Giovanni in Pentoma, chiese "pievane" della Diocesi dei Marsi con i loro "propositi" da cui dipendevano nel trecento le numerose chiese dei casalia e castra del territorio di Aielli, come risulta dalle decime vaticane degli anni 1308 e 1324: in totale le due chiese "blebane" controllavano ben 30 edifici di culto (Sella 1936, 23-46). La seconda metà del quattrocento vede gli interventi dei Piccolomini: sull'altura del "Castello" con i nuovi bastioni angolari circolari dotati di fori per fucili e colubrine, mentre la torre cilindrica viene modificata con l'apertura di finestrature rinascimentali e di una porta bassa che immette in un modificato ambiente dotato di copertura a cupola ornata da eleganti costolature ad ombrello; nell'interno del "Burgo" con la realizzazione degli "sporti" intramurali firmati dalle mezzelune dei nuovi feudatari senesi e nella "Piazza Publica" in cui svetta la nuova facciata di scuola aquilana della chiesa della SS. Trinità già fondata da Ruggero II di Celano nel 1362, facciata iniziata nel 1477, finita da Antonio Piccolomini nel 1479 e consacrata dal Vescovo dei Marsi Ludovico Senese Di Pietro 1869,114-115).